Bei der orthomolekularen Medizin geht es in erster Linie darum, den individuellen Bedarf an Mikronährstoffen zu ermitteln bzw. Mikronährstoffe gezielt in einem therapeutischen oder präventiven Sinne einzusetzen. Grundlage der individuellen Therapie mit Mikronährstoffen ist ein klinischer Befund, zum Beispiel anhand von Laborparametern sowie durch Ermittlung bestimmter Risikofaktoren, die sich beispielsweise aus dem Lebensstil oder einer genetischen Disposition ergeben können.

Zu den eingesetzten Stoffen gehören Vitamine, Vitaminoide, Mineralstoffe, Spurenelemente, Enzyme, Prä- und Promikrobiotika sowie essenzielle Fett- und Aminosäuren. Ziel ist es nicht, einfach wahllos etliche Vitaminpräparate zu schlucken. Das ist nicht nur unsinnig, sondern kann auch ungesund sein. Ungünstig ist jedoch auch, erst bei einem manifesten Mangelzustand mit einer Einnahme zu beginnen.

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